Στις αρχές του 2016, η Γενική Γραμματεία Αθλητισμού, προχώρησε στην ανάκληση της αναγνώρισης της Ελληνικής Ομοσπονδίας Τριάθλου με το σκεπτικό της εφαρμογής της αθλητικής νομοθεσίας, της διαφάνειας και της προσπάθειας για εξυγίανση της λειτουργίας των αθλητικών ομοσπονδιών.
Τα δεδομένα όμως άλλαξαν ξανά και το αλαλούμ συνεχίζεται, καθώς το Διοικητικό Εφετείο Αθηνών αποφάσισε την αναστολή της απόφασης της Γενικής Γραμματείας Αθλητισμού με την οποία γινόταν ανάκληση της ειδικής αναγνώρισης της Ελληνικής Ομοσπονδίας Τριάθλου και στην ουσία αναγνωρίζει ως έχει τη λειτουργία της Ομοσπονδίας. Η απόφαση ισχύει μέχρι της έκδοση της οριστικής απόφασης του Συμβουλίου επί τις αιτήσεως αναστολής που εκκρεμεί.